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【疯狂7月】⑦—免费在线小工具-突变分析系列:突变信息摘要图 | 云平台

联川生物 2024-03-27

The following article is from HellsegaMosken Author HellsegaMosken

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前言

昨天我们介绍了一个对突变信息进行统计的小工具(免费在线小工具-突变分析系列:突变注释信息汇总),除了表格外,如果能进一步对其可视化展示,更能帮助我们直观的了解数据分布


输入数据格式说明

参见 免费在线小工具-突变分析系列:突变注释信息汇总


图片意义解读

①:突变分类统计。从突变造成的影响对其进行分析,如有义突变、无义突变、移码突变等。

②:突变类型统计。SNP-单核苷酸多态性;INS-插入突变;DEL-缺失突变。

③:单核苷酸多态性突变的细分统计。

④:所有样品的突变数量和比例。

⑤:不同突变类型的数量。

⑥:突变数量最多的基因。


参数说明

详细信息:默认绘制详细信息,若不勾选,则绘制上述④和⑤。


“SNV Class”显示内容:绘制原始计数还是比例。作用对象是第三幅图。


对Y轴做log处理:若您的数据分布范围较大,可对Y轴做log处理,使得数据可以在一张图中较为清晰地呈现。


添加横线:决定了第四幅图中横线的位置。


显示样本名:显示第四幅图中的样本名,若样本较多,可以使用下一个参数调整字号。


字号设置


显示的top基因的个数:控制第6幅图所显示的基因个数。


拓展分析

此汇总信息对我们来说肯定是不够的,分析完成后,会自动跳出侧边栏,点击可直接进行下游分析,无需重新上传文件:


如我们点击一个【瀑布图】分析,在弹框中点击跳转:



跳转后会提示文件传送成功,背景中的图片就是用您的文件进行绘制的结果(而不是示例数据啦)


更方便的是,在此分析完成后,您可以继续跳转完成其他拓展分析:


其他拓展分析我们会在继续发文进行介绍,欢迎关注本公众号获取更多信息:


云工具

地址:https://www.omicstudio.cn/tool/72


参考资料

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html



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